Madrasah Aliyah Al-Khairiyah didirikan pada tahun 1975 oleh K.H. Abdullah Musa, K.H. Bunyamin Musa serta Dewan Guru Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Ibtidaiyah.

Adapun tenaga pengajarnya sebagian besar dirangkap oleh guru-guru yang mengajar di Madrasah Tsanawiyah (MTs). Di antaranya ialah:

1.    K. H. Abdullah Musa

2.    K. H. Bunyamin Musa

3.    K. H. Abdul Halim Husin

4.    H. Moh. Soheh Usman

5.    Ahmad Soelaiman, BA

6.    Muhammad Syah

7.    Subilal

8.    Drs. M.E. Ali Murtadlo

9.    Drs. Abidin Nawawi

10.  Abdurrahman, BA

11.  Marullah Jailani

12.  Zikro Abdullah Musa

13.  Sanwani Tohir (sebagai Tata Usaha).

Murid perdananya sebanyak 13 orang, 7 orang laki-laki dan 6 orang perempuan, semuanya adalah lulusan (tamatan) Madrasah Tsanawiyah Al-Khairiyah. Dari 13 yang bisa meneruskan sampai kelas III ada 12 orang, dari 12 orang itu 50 % berhasil melanjutkan ke Perguruan Tinggi, bahkan ada yang diterima di IKIP Jakarta untuk jurusan bahasa Arab dan yang lainnya ada juga yang melanjutkan ke Perguruan Tinggi As-Syafiiyah dan Aththahiriyah.

Mulai Tahun Ajaran 1975/1976 Departemen Agama dalam rangka memperbaiki dan meningkatkan status madrasah, baik untuk tingkat Ibtidaiyah, Tsanawiyah dan Aliyah diwajibkan untuk mengikuti dan melaksanakan Surat Keputusan Bersama Tiga Menteri (SKB 3 Menteri) yaitu Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, Menteri Agama dan Menteri Dalam Negeri. Adanya SKB 3 Menteri itu adalah pengakuan pemerintah RI terhadap madrasah yang dikelola oleh Departemen Agama disamakan dengan lembaga pendidikan yang dikelola oleh Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Artinya untuk tingkat MI disamakan dengan SD, untuk MTs disamakan dengan SMP, dan untuk tingkat Aliyah (MA) disamakan dengan SMA.

Pada tahun 1977 Ketua Umum Yayasan Waqfiyah Perguruan Al-Khairiyah, K.H. Abdullah Musa, karena kesibukannya di bidang da'wah dan politik, beliau melepas jabatan Kepala Madrasah Ibtidaiyah, Tsanawiyah dan Aliyah yang seterusnya mengangkat dan mengukuhkan 8 orang untuk menjadi kepala madrasah dan wakilnya, yaitu:

1.    K. H. Abdul Aziz Ahmad, sebagai Kepala MI Putra

2.    Ahmad Fahmi Bunyamin, sebagai Wakil Kepala MI Putra

3.    Alwi Asmat, sebagai Kepala Madrasah Ibtidaiyah Putri

4.    Ahmad Fathi Bunyamin, BA sebagai wakil Kepala MI Putri

5.    Abdurrahman, BA sebagai Kepala Madrasah Tsanawiyah

6.    Ahmad Soelaiman, BA sebagai wakil Kepala MTs.

7.    Drs. Abidin Nawawi, sebagai Kepala Madrasah Aliyah

8.    Drs. M.E. Aly Murtadlo sebagai wakil Kepala Madrasah Aliyah

Belum sempat dikukuhkan dan diberi Surat Keputusan Yayasan Waqfiyah Perguruan Al-Khairiyah, bapak Abdurrahman, BA meninggal dunia, dengan sebab itu maka penggantinya diangkat Ahmad Soelaiman, BA dan sebagai wakilnya adalah Ny. Zikro AM.

Yang mendorong kepada K.H. Abdullah Musa untuk menunjuk 4 orang sebagai kepala madrasah dan 4 orang sebagai wakilnya, karena beliau di samping sibuk di masyarakat, beliau juga ingin membenahi dan merapihkan administrasi madrasah. Di samping itu juga, karena ada peraturan pemerintah, bahwa Ketua Yayasan tidak diperkenankan merangkap sebagai kepala madrasah.

Dengan adanya pelimpahan kepala madrasah dari Ketua Umum Yayasan Waqfiyah Perguruan Al-Khairiyah, maka para kepala madrasah dan wakilnya serta dibantu oleh Dewan Guru dari masing-masing tingkatan, mulailah membenahi dan merapihkan Adminis-trasi Sekolah.

Melihat perkembangan Perguruan Al-Khairiyah makin meningkat dan makin dipercaya oleh masyarakat, maka Departemen Agama menambah bantuannya berupa guru agama baik lulusan PGAAN, maupun lulusan IKIP Jakarta atau lulusan Perguruan Tinggi swasta. Di samping itu Ketua Yayasan membuka pintu bagi guru-guru yang ingin mengabdikan dirinya di Perguruan Al-Khairiyah dengan tidak melihat dari mana asalnya (suku bangsanya) serta aliran agamanya tetapi dilihat kemampuan dan loyalitasnya terhadap Perguruan Al-Khairiyah. Dengan sebab itu pula maka Perguruan Al-Kahiriyah makin lama makin berkembang dengan baik, sehingga muridnya dari tiga tingkatan mencapai 1500 orang.

Tenaga pengajar di tingkat Aliyah terutama untuk mata pelajaran umum, khususnya pelajaran eksak masih belum mencukupi, apalagi setelah Madrasah Aliyah membuka dua jurusan IPA dan IPS. Dengan sebab itu pula maka mulai tahun 1978 Kepala Madrasah Aliyah Al-Khairiyah mencari tenaga-tenaga pengajar untuk pelajaran tersebut, dan alhamdulillah berhasil meskipun belum sesuai dengan yang diinginkan, karena kebanyakan dari mereka bukan dari pendidikan keguruan. Di antaranya ialah:

2.    M. Kosasih, BE, dari Fakultas Teknik Muhamadiyah mengajar matematika

3.    Ariantara, dari Fakultas Ekonomi Universitas Indonesia mengajar Ekonomi dan Koperasi

4.    Zainal Muttaqin, dari Fakultas Sastra Universitas Indonesia mengajar Bahasa Indonesia.

5.    Abdul Hadi Jamal, dari Fakultas Teknik Muhamadiyah mengajar Kimia.

6.    Irman, dari Fakultas Teknik Muhammadiyah mengajar Fisika

7.    Lukman Hakim, dari Fakultas Teknik Muhammadiyah mengajar Biologi.

8.    Indah Tri Setiawati, dari Akademi Senitari Yogyakarta, mengajar Kesenian.

9.    Suhud Setiawan mengajar Kesenian.

Pada tahun 1984, bapak Drs. M.E. Aly Murtadlo sebagai wakil kepala Madrasah Aliyah mutasi ke SMA 28 Oktober, untuk mengisi kekosongan wakil kepala, maka Kepala Madrasah Aliyah Al-Khairiyah menunjuk bapak Drs. Ichsan Usman untuk menjadi wakilnya. Sejak itulah maka bapak Drs. Ichsan Usman resmi menjadi wakil kepala Madrasah Aliyah Al-Khairiyah. Pada Tahun Pelajaran 1994/1995, ada perubahan wakil kepala sekolah, ada wakil bidang kurikulum dan wakil bidang kesiswaan.

Wakil Bidang Kurikulum dipegang oleh Drs. Haris Makhri dan Wakil Bidang Kesiswaan dipegang oleh Drs. A. Syauqi HJ. Hal ini terjadi sampai menjelang akriditasi tahun 2000, mulai tahun ini wakil kepala sekolah ditambah dengan bidang Hubungan Masyarakat (Humas). Wakil Bidang Humas dipegang oleh K.H. Ahmad Kazruny Ishak, MA.

Setelah lulus dari IAIN, IKIP atau Perguruan Tinggi lainnya banyak yang kembali ke Al-Khairiyah untuk membantu dan mengabdikan dirinya sebagai tenaga pengajar atau sebagai tenaga administrasi madrasah.

Usaha K. H. Abdullah Musa seta saudara-saudaranya, seperti K.H. Ishaq Musa, K.H. Bunyamin Musa, K. H. Abdul Hadi Musa dan lain-lain, untuk meningkatkan dan mengembangkan lembaga pendidikan Islam, khususnya Perguruan Al-Khairiyah putra-putrinya disekolahkan di sekolah keguruan, seperti PGA, IKIP, IAIN, bahkan ada yang dikirim ke luar negeri, yaitu ke Al-Azhar Mesir.

Setelah tamat hamper semua keluarganya menjadi tenaga pengajar dan tenaga administrasi serta ikut mengembangkan Perguruan Al-Khairiyah.

Berkat kerjasama yang baik antar keluarga, dewan guru, para tokoh agama, para dermawan, para alumni dan masyarakat baik yang intelek maupun yang awam berdirilah gedung yang megah bertingkat tiga.

Semoga kemegahan gedung ini diikuti dengan mutu yang lebih baik. Amin.

Tahun pertama dibuka yaitu Tahun Ajaran 1975/ 1976, jumlah murid 13 orang, laki-laki 7 orang dan perempuan 6 orang.

Tahun kedua 1976/1977, yang masuk 12 orang

Tahun ketiga 1977/1978, yang masuk 16 orang

Tahun keempat 1978/1979, yang masuk19 orang

Tahun kelima 1979/1980, yang masuk 34 orang

Tahun keenam 1980/1981, yang masuk 69 orang

Tahun ketujuh 1981/1982, yang masuk 49 orang

Tahun kedelapan 1982/1983, yang masuk 48 orang

Tahun kesembilan 1983/1984, yang masuk 51 orang

Tahun kesepuluh 1984/1985, yang masuk 48 orang

Tahun kesebelas 1985/1986, yang masuk 98 orang

Tahun kedua belas 1986/1987, yang masuk 90 orag

Tahun ketiga belas 1987/1988, yang masuk104 orag

Tahun ketempat belas 1988/1989, masuk109 orang

Tahun kelima belas 1989/1990 = 140 orang

Tahun keenam belas 1990/1991 = 82 orang

Tahun ketujuh belas 1991/1992 = 92 orang

Tahun kedelapan belas 1992/1993 = 84 orang

Tahun kesembilan belas 1993/1994 = 97 orang

Tahun kedua puluh 1994/1995 = 71 orang

Tahun kedua puluh satu 1995/1996 = 71 orang

Tahun kedua puluh dua 1996/1997 = 80 orang

Tahun kedua puluh tiga 1997/1998 = 75 orang

Tahun kedua puluh empat 1998/1999 = 84 orang

Tahun kedua puluh lima 1999/2000 = 66 orang

Tahun kedua puluh enam 2000/2001 = 116 orang

Tahun kedua puluh tujuh 2001/2002 = 93 orang

Tahun kedua puluh delapan 2002/2003 = 100 orang

Tahun kedua puluh sembilan 2003/2004 = 96 orang

Tahun ketiga puluh 2004/2005 = 66 orang

Tahun ketiga puluh satu 2005/2006 = 72 orang

Tahun ketiga puluh dua 2006/2007 = 86 orang

Tahun ketiga puluh tiga 2007/2008 = 87 orang, tetapi yang ikut ujian nasional dan ujian sekolah 81 orang, program IPA = 41 orang, dan program IPS = 40 orang.

Kurikulum yang pertama kali dipakai adalah kurikulum Tahun 1975, yang kebetulan termasuk Kurikulum SKB 3 Menteri. Kurikulum tahun 1975 bagi madrasah pelajaran umum 70 % dan pelajaran agama 30 %.

Pada tahun 1975 Madrasah Aliyah Al-Khairiyah baru membuka satu jurusan, yaitu Ilmu Pengetahuan Sosial (IPS). Sedangkan tahun keempat sudah membuka 2 jurusan yaitu, IPS dan IPA. Tahun kelima hanya membuka jurusan IPS saja, hal ini disebabkan kesusahan untuk mencari tenaga pengajar di samping minat anak tidak banyak yang memilih IPA.

Tahun Pelajaran 1984/1985 MA Al-Khairiyah, mulai membuka jurusan Agama di samping Ilmu Pengetahuan Sosial, hal ini berlanjut sampai perubahan Kurikulum, yaitu Kurikulum 1994. Bagi jurusan agama dari MA Al-Khairiyah banyak yang melanjutkan ke IAIN di Ciputat, begitu juga sebagian kecil dari jurusan IPS.

Sejak menggunakan Kurikulum Tahun 1994, MA Al-Khairiyah membuka Jurusan Ilmu Pengetahuan Alam (IPA) dan Ilmu Pengetahuan Sosial (IPS). Sejak membuka jurusan IPA, maka mulai itu juga lulusannya MA Al-Khairiyah ada yang masuk Perguruan Tinggi Negeri, yaitu masuk Institut Pertanian Bogor (IPB). Tahun keduanya masuk lagi melalui jalur PMDK sebanyak satu orang, begitu tiap tahun ke IPB masuk satu orang melalui jalur PMDK dan Tahun 2006/2007 masuk IPB melalui jalur PMDK ada dua orang dan PMDK ke UIN masuk 6 orang.

Alumni MA Al-Khairiyah, baik Lulusan IAIN, IPB dan UIN Jakarta, maupun lulusan Perguruan Tinggi Swasta banyak yang mengabdi (menjadi guru) di MA Al-Khairiyah.

Demikianlah sekilas tentang MA Al-Khairiyah Mampang Prapatan Jakarta Selatan.